菏泽学院的专业排名如下：

环境科学与工程：

全国排名2，星级排名A+，办学层次为中国一流应用型专业。

机械电子工程：

全国排名15，星级排名A，办学层次为中国一流应用型专业。

能源化学工程：

全国排名4，星级排名A+，办学层次为中国高水平应用型专业。

制药工程：

全国排名23，星级排名A+，办学层次为中国高水平应用型专业。

生物技术：

全国排名23，星级排名A+，办学层次为中国高水平应用型专业。

生物工程：

全国排名27，星级排名B++，办学层次为中国高水平应用型专业。

汉语言文学（师范类）：

投档线为508分，排名第一。

历史学（师范类）：

投档线为506分，排名第二。

英语（师范类）：

投档线为502分，排名第三。

思想政治教育（师范类）：

投档线为500分，排名第四。

生物科学（师范类）：

投档线为499分，排名第五。

心理学（师范类）：

投档线为498分，排名第六。

化学（师范类）：

投档线为496分，排名第七。

特殊教育（师范类）：

投档线为494分，排名第八。

数学与应用数学（师范类）：

投档线为491分，排名第九。

财务管理：

投档线为489分，排名第十。

此外，根据2023年校友会发布的排名，菏泽学院的优势专业还包括：

体育教育：推荐指数4.3，有85人推荐。

艺术设计：推荐指数4.2，有82人推荐。

思想政治教育：推荐指数4.1，有65人推荐。

建议：

环境科学与工程、 机械电子工程、 能源化学工程、 制药工程、 生物技术等工科专业在全国有较高的排名和声誉，适合对工科有兴趣的学生选择。

汉语言文学（师范类）、 历史学（师范类）、 英语（师范类）、 思想政治教育（师范类）、 生物科学（师范类）等师范类专业在山东省内具有较好的教学质量和就业前景，适合希望从事教育工作的学生。

财务管理、 体育教育、 艺术设计等专业也具有较好的推荐指数和就业前景，适合不同兴趣和职业规划的学生选择。