南京鼓楼辖区内拥有 20所高校。其中包括一些著名的高等学府，如：

1. 南京大学

2. 南京师范大学

3. 南京医科大学

4. 河海大学

5. 南京工业大学

6. 南京邮电大学

7. 东南大学医学院

8. 中国药科大学

9. 南京中医药大学

10. 南京财经大学

11. 南京审计学院

12. 南京艺术学院

13. 江苏省教育学院

14. 江苏城市职业学院

这些高校中有多所985和211大学，其中南京大学和东南大学为985/211高校。