袁世凯在任期间，至少创办了 两所大学，具体如下：

北洋大学堂

这是继京师大学堂（北京大学前身）后中国第二个官立大学堂，也是晚清时期地方政府建立的第一所大学堂。

山东大学堂

这是袁世凯在山东兴学的重要成就，后来发展成为山东大学。

此外，袁世凯还在保定（直隶省会）和天津创办了近20所军事院校，但题目中仅询问了大学数量，因此不再详细列举这些军事院校。

综上所述，袁世凯至少创办了2所大学。