根据2024年软科发布的专业排名，金陵科技学院最厉害的三个王牌专业如下：

1. 数字出版（全国第4名）

2. 包装设计（全国第5名）

3. 宝石及材料工艺学（全国第8名）

此外，金陵科技学院在2024年校友会中国大学一流学科排名中有多个学科被评为中国三星级学科（3）和区域一流学科，具体排名如下：

1. 城乡规划学（江苏高校第7名，全国第52名）

2. 软件工程（江苏高校第17名，全国第126名）

3. 工商管理（江苏高校第26名，全国第307名）

4. 园艺学（江苏高校第3名，全国第42名）

建议优先选择这三个王牌专业，同时也可以考虑其他被评为中国三星级学科的专业。