2016年三本专业排名如下：

华中科技大学武昌分校- 理工类，地区排名1，总分100，办学类型为应用型，排名5，办学层次为中国一流。

吉林大学珠海学院- 综合类，地区排名1，总分99.32，办学类型为应用型，排名5，办学层次为中国一流。

河南理工大学万方科技学院- 理工类，地区排名1，总分99.12，办学类型为应用型，排名5，办学层次为中国一流。

北京师范大学珠海分校- 综合类，地区排名2，总分99.08，办学类型为应用型，排名5，办学层次为中国一流。

四川大学锦江学院- 综合类，地区排名未明确，总分未明确，办学类型为应用型，排名未明确，办学层次为中国一流。

这些排名信息基于2016年的数据，具体的排名可能会因不同评价标准和数据来源有所差异。建议参考多个来源以获得更全面的信息。