选择生物医学工程专业时，可以从以下几个方面进行综合考虑：

学校声誉和学科排名

北京大学：国内顶尖高校，生物医学工程专业在国内外享有盛誉，多次在全国学科评估中名列前茅，其学科被认定为国家“双一流”建设学科。北京大学的生物医学工程涵盖了生物材料、医学影像、分子生物学等多个前沿领域。

首都医科大学：以深厚的医学背景和实践能力培养著称，生物医学工程专业被评为国家级特色专业，在医学影像、生物医学信息处理、医疗器械研发等方面具有显著优势。

清华大学：强大的科研实力和国际化视野，考生应根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑学校的地理位置、专业特色和培养模式。

课程设置和培养模式

北京大学：拥有完整的人才培养体系，从本科至博士后，涵盖了生物医学工程的各个层面，具体包括生物材料科学、医学影像技术、分子生物学与基因工程。

首都医科大学：实行小班教学，注重学生的实践能力和创新思维的培养。

清华大学：生物医学工程专业以其强大的科研实力和国际化视野而闻名。

个人兴趣和职业规划

兴趣：如果对生物材料、医学影像、分子生物学等前沿领域有浓厚兴趣，可以选择相应的高校和专业。

职业规划：考虑未来希望从事的研究或临床工作，选择与之匹配的学校和专业。例如，如果希望从事医学影像技术工作，首都医科大学可能更适合。

选科要求

生物：医学专业对生物学知识有较高的要求，因此生物是报考医学专业的必选科目。

物理和化学：医学专业也需要较强的物理和化学基础，因此物理和化学也是报考医学专业的推荐科目。

其他科目：可以根据自己的兴趣和特长选择其他科目，如历史、政治等。

地区限制

学校地理位置：考虑学校的地理位置，选择离自己较近或符合自己未来职业规划的学校。

综上所述，选择生物医学工程专业时，建议考生综合考虑学校声誉、学科排名、课程设置、个人兴趣和职业规划、选科要求以及地区限制等方面，做出最适合自己的选择。