根据2023年软科中国大学专业排名，杭州市内开设自动化专业的大学排名如下：

浙江大学（全国第3名）

杭州电子科技大学（全国第94名）

浙江理工大学（全国第112名）

中国计量大学（全国第131名）

浙江工商大学（全国第138名）

浙江农林大学（全国第152名）

建议：

浙江大学作为全国排名第三的自动化专业强校，无疑是首选。

杭州电子科技大学在全国排名第九十四位，也是一个值得考虑的选择，尤其是其自动化专业在国内享有很高的声誉。

浙江理工大学、 中国计量大学、 浙江工商大学和 浙江农林大学也都在全国前150名之内，具体选择哪一所可以根据个人兴趣和职业规划来决定。