河海大学拥有 至少30个A类专业。

具体专业包括水利工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、环境科学与工程、土木工程、能源与动力工程、通信工程、大数据管理与应用、机器人、农业水利工程、金融和商业管理等。在教育部第四次学科评估中，河海大学的水工系以A+的成绩与清华大学水工系并列全国第一，另外土木工程系和环境科学工程系以A-的成绩在国内高校中学科实力排名第一。在2023中国大学专业分档排名中，河海大学6个专业评为A++，13个专业评为A+，8个专业评为A。