南京的冷门专业排名如下：

医学院-100210外科学

马克思主义学院-030505思想政治教育

物理学院-070206声学

商学院-125300会计

物理学院-071011生物物理学

电子科学与工程学院-070208无线电物理

哲学系-010108科学技术哲学

医学院-100207影像医学与核医学

环境科学与工程专业

土木工程专业

建筑学专业

工商管理专业

新闻传播学类专业（广告学、广播编导学等）

电子商务专业

商务英语专业

小语种

天文学

食品类专业

中药学院

经济管理、英语和计算机类专业

请注意，这些信息基于不同时间点的数据，专业冷门程度可能会随着时间和市场需求的变化而变化。建议您在选择专业时，综合考虑自己的兴趣和职业规划，同时关注各专业的发展前景和就业情况。