南京高校中一些相对冷门的专业包括：

医学院-外科学

马克思主义学院-思想政治教育

物理学院-声学

商学院-会计

物理学院-生物物理学

电子科学与工程学院-无线电物理

哲学系-科学技术哲学

医学院-影像医学与核医学

环境科学与工程专业

土木工程专业

建筑学专业

工商管理专业

新闻传播学类专业（如广告学、广播编导学等）

电子商务专业

商务英语专业

市场营销

公共事业管理

化学工程与工艺

造纸

环境工程

请注意，这些排名基于不同年份的数据，并且专业冷门程度可能会随着时间和市场需求的变化而变化。建议在选择专业时，综合考虑自己的兴趣、职业规划以及行业需求。