农业水利工程专业的课程设置涵盖了水利工程、土木工程学科的基本知识、基本理论，以及水利工程设计方法、科学研究方法及施工与管理的基本训练。主要课程包括：

基础课程

工程制图

理论力学

材料力学

结构力学

水力学

土力学

工程地质

工程水文学

水利计算

钢筋混凝土结构

土壤与农作学

专业课程

水利工程施工

灌溉排水工程学

水工建筑物

水泵与泵站

水电站

水土保持学

工程抗冻技术

灌排工程系统分析

节水灌溉技术

水文地质及工程地质

地下水利用

排灌机械与泵站

选修课程 （可能根据学校或课程安排有所不同）：

水利水电工程

水文水资源工程

环境工程

农业工程专业相关课程

实践教学

测量实习

地质实习

认识实习

毕业实习

毕业设计

专业实验（如建材实验、灌排技术试验、水力学试验、水泵性能试验、水工模型演示试验）

这些课程旨在使学生掌握农业水利工程的基本理论和专业知识，具备从事工程勘测、规划、设计、施工、管理、教学和科研等方面的基本技能，并能适应社会发展的需要，成为具有创新能力和实践能力的复合型高级工程技术人才。