化学专业论文排名如下：

中国科学院大学：

以180篇论文遥遥领先，总发文量9122篇，排名第一。

中国科学技术大学：

以124篇论文排名第二，总发文量3822篇。

南京大学：

以116篇论文排名第三，总发文量未提及。

清华大学：

以115篇论文排名第四，总发文量3557篇。

南开大学：

以113篇论文排名第五，总发文量未提及。

这些排名基于2023年的数据，反映了各大学在化学领域的科研成果和影响力。