南通大学最好的专业排名如下：

临床医学：

南通大学医学院具有悠久的历史和良好的教学资源，该专业毕业生就业前景广阔。

电气工程及其自动化：

该专业是国家级特色专业，也是省级一流本科专业，在国内外享有较高声誉。

电子信息工程：

在信号处理、通信技术等方面具有较高水平。

计算机科学与技术：

紧跟时代步伐，不断优化课程体系，培养了一批又一批优秀人才。

机械工程：

在机械设计、制造与自动化等方面具有较高的教学水平。

化学工程与工艺：

拥有先进的实验设备和优秀的师资力量，毕业生在化工领域具有竞争力。

材料科学与工程：

在材料制备、加工与应用方面具有较强的实力。

船舶与海洋工程：

该专业是国家级特色专业，在国内外享有较高声誉。

艺术设计：

注重实践教学，培养了一批具有创新精神和实践能力的艺术设计人才。

工程管理：

在江苏省级特色专业中，工程管理也表现优异。

建议：

临床医学和 电气工程及其自动化是南通大学的王牌专业，具有很高的教学质量和学术水平，适合对医学和电气工程专业感兴趣的学生。

电子信息工程、 计算机科学与技术和 机械工程等工科专业也具有较强的竞争力和就业前景。

艺术设计专业注重实践教学，适合有创新精神和实践能力的学生。

工程管理专业在江苏省级特色专业中表现优异，适合对管理类专业感兴趣的学生。