主城区医院的专业排名如下：

神经外科

北京天坛医院（排名第1）

首都医科大学宣武医院（排名第4）

301总医院（排名第7）

消化病

北京协和医院（排名第3）

301总医院（排名第4）

北京友谊医院（排名第6）

小儿内科

首都医科大学附属北京儿童医院（排名第2）

北京大学第一医院（排名第7）

首都儿科研究所附属儿童医院

小儿外科

首都医科大学附属北京儿童医院（排名第1）

首都儿科研究所附属儿童医院（排名第10）

这些排名基于最新的数据和专家评估，但请注意，医疗技术和专科声誉可能会随时间变化。建议您在需要具体医疗建议时，咨询最新的医疗指南或直接联系相关医院进行详细咨询。