南京工程学院的专业排名如下：

1. 电气工程及其自动化

2. 机械设计制造及其自动化

3. 自动化

4. 热能与动力工程

5. 土木工程

6. 机械电子工程

7. 电气类

8. 智能电网信息工程

9. 计算机科学与技术

10. 车辆工程

此外，南京工程学院还有多个国家级和省级一流本科专业，包括机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、产品设计、材料科学与工程、能源与动力工程、电子信息工程、市场营销、机械电子工程、材料成型及控制工程、自动化、信息管理与信息系统等。