2016年度中国医院综合排名如下：

北京协和医院

四川大学华西医院

中国人民解放军总医院

此外，复旦大学医院管理研究所发布的2015年度最佳医院排行榜中，北京协和医院、四川大学华西医院和解放军总医院也名列前三甲。

这些排名信息基于不同的评估标准和数据来源，因此排名可能会有所变动。建议您根据具体需求和权威来源进行参考。