国内密码科学与技术专业的排名如下：

清华大学

上海交通大学

香港中文大学

香港科技大学

复旦大学

南开大学

山东大学

华中科技大学

西安电子科技大学

北京电子科技学院

北京理工大学

海南大学

东南大学

北京邮电大学

国防科技大学

武汉大学

浙江大学

电子科技大学

南京大学

中山大学

请注意，排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化，具体选择学校时还需考虑个人兴趣、专业方向、师资力量和毕业去向等因素。