在新疆选择公办二本大学的专业时，可以考虑以下几个方面：

个人兴趣与职业规划

兴趣：选择自己感兴趣的专业，有助于在未来的学习和工作中保持热情和动力。

职业规划：结合自己的职业规划，选择有利于未来职业发展的专业，能够提高就业竞争力。

专业热门度与就业前景

热门专业：如软件工程、计算机科学与技术、临床医学等，这些专业由于应用广泛，就业前景通常较好，但竞争也较为激烈。

传统专业：如师范类专业（学前教育、小学教育等），这些专业虽然录取门槛相对较低，但就业稳定，且社会需求较大。

学校特色与实力

特色专业：每所二本大学都有其特色专业，如新疆农业大学的农学、农业资源与环境、园艺等专业，新疆财经大学的财经类专业等。

学科实力：了解学校的学科实力和教学质量，选择实力较强的专业，能够获得更好的教育资源。

地域因素

地理位置：选择地理位置相对不那么热门的院校，如中西部地区的高校，这些学校在教学质量和师资力量上并不逊色，但由于地域因素，录取分数相对较低。

行业需求与发展空间

行业需求：选择当前及未来一段时间内需求较大的专业，能够提高就业率。

发展空间：考虑行业的发展趋势和空间，选择有长期发展潜力的专业。

录取难度

录取分数：了解不同专业的录取分数，选择自己能够达到的志愿，确保能够被录取。

录取率：参考往年的录取率，了解专业的录取难度，选择把握较大的专业。

教育资源

教育资源：考虑学校的教学资源和实践机会，特别是对于未来有志于从事教育行业的考生来说，师范类专业是一个很好的起点。

实践与应用能力

实践机会：一些专业如医学、工程类等，拥有多家附属医院或实习基地，能够为学生提供实践机会和就业渠道。

综上所述，选择新疆公办二本大学的专业时，应综合考虑个人兴趣、职业规划、专业热门度、学校特色与实力、地域因素、行业需求与发展空间、录取难度以及教育资源等多个方面。建议考生和家长在填报志愿前，详细了解各专业的课程设置、师资力量、就业前景等信息，以便做出明智的选择。