军校运输专业的课程设置通常包括以下几个方面：

机械工程相关课程

机械设计原理及技术方法

机械制造工程原理与技术

载运工具原理

车辆驾驶

液压与液力传动

装卸装备电气控制系统

装卸装备结构与原理

装卸装备操作与维护

装卸保障分队指挥与管理

交通运输专业课程

交通运输设施

交通运输技术

铁路运输投送指挥

公路运输投送指挥

海上运输投送指挥

航空运输投送指挥

联合投送组织

国防交通动员

军事相关课程

军事运筹学

交通运输系统分析

军事交通经济

军事交通工程

交通保障学

基础课程

工程力学

电路与电子技术

计算机管理及应用

实践课程

运输军官初、高级课程

汽车运输驾驶员初、高级军士课程

汽车运输车辆驾驶课程

专业方向课程（针对特定专业方向）：

军事物流专业：培养具备一定军事素质和物流系统规划设计、物流运作管理能力的复合型人才，毕业生可以从事基层部队的物资管理、后方仓库的物资仓储和配送管理等

这些课程旨在培养学生具备机械工程、交通运输和军事知识的综合能力，以适应军事运输和投送的需求。