应用语言学专业主要学习的语言包括 汉语和 外语。具体来说，该专业的研究和应用范围广泛，涵盖语言理论、语言研究方法、应用语言学、对外汉语教学概论、语法理论、语义理论、词汇理论、实验语音学、汉语语用学、汉语方言与方言调查、语言与文化、跨文化交际等多个方面。因此，应用语言学专业的学生需要掌握汉语和至少一种外语的语言知识和应用技能。

此外，应用语言学专业的培养目标之一是使学生具备坚实宽广的语言学理论基础和系统深入的专门知识，并能进行对外汉语等多种课程的教学。这表明，应用语言学专业的学生不仅要学习语言本身，还要学习如何教授非母语者汉语，以及如何在不同文化间进行有效沟通。

综上所述，应用语言学专业主要学习的语言包括汉语和外语，学生需要掌握这些语言的基本知识和应用技能，以便在多个领域进行研究和实际应用。