硕士制药工程专业的课程设置通常包括以下几个方面：

公共基础课程

大学英语

高等数学

线性代数

数理统计

物理学等

专业基础课程

基础化学（无机化学、有机化学、物理化学、生物化学等）

仪器分析

微生物学

生物化学

药学概论等

专业核心课程

药物化学

药物合成反应

工业药剂学

药物分析

工程制图

化工原理

制药过程自动化

制药过程安全与环保

药品生产质量管理工程

制药工艺学

制药工程学等

专业选修课程

药物制剂技术

药用高分子材料

制药分离工程

药事管理学

药品营销等

此外，针对中药制药和农药制药的方向，还会涉及以下课程：

中药学

中药化学

中药药剂学

方剂学

中药制剂分析

中药药理学

植物学

农药学等

这些课程旨在培养学生掌握制药工程方面的基本原理、知识和技能，具备工程分析及解决问题的能力、生产技术管理能力、工程设计能力和技术创新能力，成为能够从事药品制造、研发、质量控制和管理的应用研究型高级工程技术人才。