巢湖市目前共有 两所大学，分别是巢湖学院和合肥职业技术学院。

巢湖学院：

巢湖学院是一所安徽省属全日制普通本科院校，创建于1977年，前身是巢湖师范专科学校。2002年4月，经教育部批准，升格为本科院校，更为现名。巢湖学院坐落于合肥市安徽巢湖经济开发区，毗邻著名五大淡水湖之一的巢湖。

合肥职业技术学院：

合肥职业技术学院是一所地方性应用型本科院校，前身是由巢湖卫校、巢湖财校、巢湖技校合并而成的巢湖职业学院。巢湖地级市撤消后，巢湖小市并入合肥市后，巢湖职业技术学院校名就改为合肥职业技术学院。

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