菏泽学院的专业排名如下：

环境科学与工程：

全国排名第431名，评为A+级中国一流应用型专业。

机械电子工程：

全国排名第15名，评为A+级中国一流应用型专业。

能源化学工程：

全国排名第2名，评为A级中国高水平应用型专业。

制药工程：

全国排名第23名，评为B++级中国高水平应用型专业。

生物技术：

全国排名第23名，评为B++级中国高水平应用型专业。

生物工程：

全国排名第27名，评为B++级中国高水平应用型专业。

食品科学与工程：

全国排名第36名，评为B++级中国高水平应用型专业。

物理学：

全国排名第41名，评为B++级中国高水平应用型专业。

生物科学：

全国排名第48名，评为B++级中国高水平应用型专业。

化学工程与工艺：

全国排名第48名，评为B++级中国高水平应用型专业。

体育教育：

全国排名第54名，评为B++级中国高水平应用型专业。

自动化：

全国排名第67名，评为B++级中国高水平应用型专业。

财务管理：

全国排名第75名，评为B+级中国高水平应用型专业。

动物医学：

全国排名第14名，评为B++级中国区域一流应用型专业。

统计学：

全国排名第19名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

园林：

全国排名第35名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

音乐表演：

全国排名第66名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

建筑学：

全国排名第68名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

商务英语：

全国排名第82名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

网络工程：

全国排名第83名，评为B+级中国区域一流应用型专业。

这些排名综合了不同来源的数据，包括校友会、软科等权威机构的排名信息。建议考生和家长在填报志愿时，参考这些排名信息，结合自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。