水声工程专业主要学习的课程包括：

自然辩证法概论和 科学社会主义理论与实践。

基础英语和 专业英语。

矩阵理论和 数理统计。

声学原理与噪声控制。

水声学基础。

振动理论及其在工程中的应用。

信号处理。

数学物理方程。

振动和声学问题计算。

水下噪声学。

近代试验技术。

线性系统理论。

最优估计理论与系统辨别。

离散随机信号处理。

电路原理、 模拟电子技术、 数字电子技术。

计算机基础、 程序设计、 数据结构。

声纳技术。

此外，可能还包括学术报告会、课程实习和毕业设计等实践教学环节。

这些课程涵盖了水声工程专业的多个学科领域，包括声学、电子学、计算机技术、信号处理等，旨在培养学生的基础理论知识和工程应用能力。