菏泽市至少有一所本科高校和多所高职高专院校。具体来说，菏泽学院是当地唯一的本科高校，它拥有四个校区，包括北校区、东校区、郓城分校和单县分校。此外，菏泽市还有菏泽医学专科学校、菏泽家政职业学院和菏泽职业学院等高职高专院校。

在本科高校方面，菏泽学院作为一所全日制普通本科高校，是数据中国“百校工程”项目建设院校，它提供了多个学科门类的教育，包括文学、理学、工学、管理学等领域。

高职高专院校方面，菏泽医学专科学校是一所省属公办全日制普通高等医学专科院校，隶属于山东省卫生健康委员会。菏泽家政职业学院和菏泽职业学院也是当地提供高职高专教育的重要院校。

综上所述，菏泽市至少有一所本科高校和两所高职高专院校，共计三所高等教育机构。这些学校为当地学生提供了不同层次和类型的教育机会。