军校指挥系主要学习的专业包括以下几类：

防空兵高炮指挥

通信指挥

雷达指挥

侦查与特种兵指挥

指挥自动化工程

战术导弹指挥与工程

炮兵指挥

防化兵指挥

装甲兵指挥

电子对抗指挥

工程兵指挥

实验指挥工程

汽车指挥

武警指挥

此外，陆军指挥学院的核心专业还包括：

合同战术学

战略学

战术学

军队指挥学

军队政治工作学

空军指挥学院的硕士专业则包括：

军事学相关的二级学科，如军队指挥学

这些专业主要培养掌握现代军事理论和技能，具备指挥作战能力的中高级军官。毕业生在军队中具有较高的地位和待遇，且就业前景广阔。