截至2023年9月28日，深圳大学在40周年校庆期间共接受了以下捐款：

1. 第一期捐赠金额为5.3亿元。

2. 第二期捐赠金额为4.49亿元。

因此，深圳大学在40周年校庆期间共接受的捐款总额为：

5.3亿元 + 4.49亿元 = 9.79亿元。

此外，还有其他一些捐赠项目和金额，例如：

深圳市京兰投资（集团）捐赠1.2亿元用于建造“吴玉章楼”。

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