上海交通大学在生物工程专业方面的全国排名情况如下：

2024年校友会中国大学生物工程专业排名（研究型）中，上海交通大学位列首位。

2023年中国大学一流学科排名中，上海交通大学的生物学学科全国排名第4。

2024年软科中国大学专业排名中，上海交通大学生物科学专业位列前6名，被评为A+的等级。

2024年校友会中国大学生物工程专业排名（研究型）中，上海交通大学再次雄居首位。

综合以上信息，可以得出结论：上海交通大学在生物工程专业方面的全国排名是第一名。