上海理工大学的王牌专业主要包括以下几个：

康复工程：

全国排名第1名。

新媒体技术：

全国排名第2名。

包装设计：

全国排名第3名。

机械设计制造及其自动化：

国家级特色专业，教育部卓越工程师教育培养计划专业。

热能与动力工程：

国家级特色专业。

光信息科学与技术：

国家级特色专业。

印刷工程：

教育部卓越工程师教育培养计划专业。

材料科学与工程：

教育部卓越工程师教育培养计划专业。

光电信息科学与工程：

国家级特色专业，教育部综合改革试点专业及实施卓越工程师培养计划的专业。

生物医学工程：

国家级特色专业。

电气工程及其自动化：

推荐指数4.7。

环境工程：

中国一流学科，全国第15名。

光学工程：

中国一流学科，全国第10名。

机械工程：

2021年排名前三的专业之一。

热能动力工程：

推荐指数4.8。

建议考生在报考上海理工大学时，优先选择这些王牌专业，因为它们在全国的排名和声誉较高，且学校在这些专业上投入了较多的资源，能够提供更好的教学和实践机会。