南京的自主招生专业排名如下：

南京大学

理学：第二名

文学：第三名

王牌专业：物理学类、化学类、数学类、天文类

东南大学

建筑学：建筑老八校之一，中国最具爆发潜力之十大高校之一

交通运输工程

生物医学工程

土木工程

王牌专业：建筑学、交通运输工程、生物医学工程、土木工程

南京航空航天大学

航空宇航科学与技术

力学

机械制造及其自动化

王牌专业：航空类、机械工程、力学

南京理工大学

光学

兵器科学与技术

材料工程

模式识别与智能系统

电磁场与微波技术

王牌专业：兵器科学与技术

南京农业大学

农业资源与环境

作物学

兽医学

王牌专业：农业资源与环境、作物学、兽医学

这些排名基于不同年份和不同来源的信息，具体排名可能会有变化。建议参考最新的官方信息或权威排名机构发布的数据。