以下是日本理学系专业的排名情况：

化学专业

京都大学：世界排名第2，论文数7867篇。

东京大学：世界排名第3，论文数7364篇。

东京工业大学：世界排名第9，论文数6724篇。

大阪大学：世界排名第11，论文数6388篇。

东北大学：世界排名第17，论文数5537篇。

物理专业

京都大学：世界排名第3，论文数7867篇。

东京大学：世界排名第3，论文数7364篇。

东京工业大学：世界排名第9，论文数6724篇。

大阪大学：世界排名第11，论文数6388篇。

东北大学：世界排名第17，论文数5537篇。

生物专业

名古屋大学：世界排名未明确列出，但其在数理学、物理学、化学、生物理学、地球行星理学等方面有优势。

九州大学：世界排名未明确列出，但其在多个学科领域占有重要学术地位。

建议

选择学校和专业时，建议综合考虑学校的整体排名、专业排名、地理位置、师资力量、研究设施以及个人兴趣和职业规划。东京大学和京都大学在理学领域均有非常高的声誉，而东京工业大学和大阪大学也是不错的选择。名古屋大学和九州大学在理工学研究方面也有显著优势。