新疆大学分为 13个学科门类，具体包括：

1. 哲学

2. 经济学

3. 法学

4. 教育学

5. 文学

6. 历史学

7. 理学

8. 工学

9. 农学

10. 医学

11. 管理学

12. 艺术学

13. 交叉学科

这些学科门类涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。此外，新疆大学还有3个国家双一流建设学科（马克思主义理论、化学、计算机科学与技术），3个自治区“十四五”优势学科振兴工程建设学科（数学、中国语言文学和机械工程），以及6个自治区“十四五”特色学科创新工程建设学科（法学、地理学、生物学、生态学、电气工程和化学工程与技术）。