常熟理工学院的专业排名如下：

自动化

数学与应用数学（师范）

电子信息工程

计算机科学与技术（嵌入式培养，东南校区）

机械工程

新能源科学与工程

生物工程

材料科学与工程

食品质量与安全

市场营销

请注意，专业排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变动，以上信息以最新公布为准。