海军潜艇学院主要开设以下专业：

潜艇指挥（本科）

深潜救生技术（大专）

潜水技术（大专、中专）

常规潜艇战术指挥

核潜艇战术指挥

核潜艇导弹技术指挥

核潜艇导弹机械-程

核潜艇导弹检测工程

兵种战术学（潜艇战术）

水声工程

载运工具运用工程

电子信息工程

航海技术

救助与打捞工程

船舶与海洋工程

武器系统与工程

武器发射工程

水下作战环境

这些专业涵盖了潜艇作战、电子信息处理、水声学、航海导航、水下救援打捞、船舶海洋工程以及武器系统等多个领域，旨在培养潜艇和防险救生部队的军官、士官和士兵。