安徽农业大学最好的专业排名如下：

电气工程及其自动化

投档线为550分

计算机科学与技术

投档线为547分

商务英语

投档线为545分

电子信息类（含通信工程、电子信息工程专业）

投档线为544分

智能科学与技术

投档线为542分

数据科学与大数据技术

投档线为541分

网络空间安全

投档线为541分

国际经济与贸易

投档线为540分

工商管理类（含财务管理、会计学专业）

投档线为539分

智能制造工程

投档线为537分

此外，根据软科2024年专业排名，安徽农业大学在全国排名前三的王牌专业包括：

茶学（全国第3名）

农业资源与环境（全国第12名）

智慧农业（全国第15名）

这些专业在人才培养和学术成就方面表现突出，建议考生在报考时优先考虑这些专业。