船舶机轮专业的课程设置涵盖了 专业基础课程、专业核心课程、专业应用课程以及实践性教学环节。具体课程包括：

专业基础课程：

高等数学、大学英语、VB/C语言基础、机械制图、线性代数、大学物理、概率论与数理统计。

专业核心课程：

工程力学、工程流体力学、轮机热工、电工学、轮机工程材料、机械设计基础、船舶防污染技术、船舶柴油机、船舶辅机、轮机自动化、船舶电气、船舶原理、工程热力学及传热学、动力装置管理等。

专业应用课程：

船舶动力装置操作与维护、船舶辅机操作与维护、轮机英语、船舶电气设备操作与维护、轮机自动控制与维管、船舶管理等。

实践性教学环节：

金工实习、四小证训练实习、电器工艺实习、船舶认识实习、毕业航行实习、轮机模拟器专业实验、电工电子实验、辅机认知实验、船舶柴油机拆装实验、轮机模拟系统实验等。

这些课程旨在使学生具备机械原理和轮机系统等方面的知识，能够在海洋运输企事业单位从事轮机操纵、维修和船舶监造工作，并具备同类船舶工管轮任职资格的高级技术人才。