基因工程专业的排名如下：

北京大学

清华大学

上海交通大学

中国农业大学

南京大学

复旦大学

浙江大学

华南理工大学

华中科技大学

南开大学

这些排名综合了不同评估标准和时间点的数据，因此排名可能会根据具体评价标准有所变化。建议您根据自己的兴趣和目标，进一步了解这些学校的专业实力、师资力量、科研成果和就业前景。