2016年医院专业排名如下：

北京协和医院：

在综合排名中名列第一，综合得分93.909。

四川大学华西医院：

在综合排名中名列第二，综合得分87.727。

中国人民解放军总医院：

在综合排名中名列第三，综合得分70.291。

上海交通大学医学院附属瑞金医院：

在综合排名中名列第四，综合得分48.019。

空军军医大学西京医院：

在综合排名中名列第五。

此外，山东大学齐鲁医院在全国综合排名第21位，有7大专科进入全国排名前十，另有7个专科进入全国专科声誉提名榜单。

这些排名信息来源于不同时间点的发布，因此可能存在一定的差异。建议参考多个来源以获取更全面的信息。