预算系统审计专业主要学习以下课程：

1. 微观经济学

2. 宏观经济学

3. 管理学原理

4. 管理信息系统

5. 经济法

6. 税法

7. 财务会计

8. 成本会计

9. 财务管理

10. 内部控制审计

11. 财务审计

12. 管理审计

13. 建设项目审计

14. 计算机审计

15. 法务会计

这些课程涵盖了管理、经济、法律、会计和审计等方面的知识和能力，有助于学生掌握预算系统审计所需的基本理论和实务操作技能。