飞行指挥专业主要培养适应空天作战需要的军事航空人才，系统掌握军事航空基础理论和基本技能。毕业后，学生通常会被分配为空军航空兵部队的飞行军官，授予工学学士学位。该专业的课程设置涵盖了多个方面，包括：

空军指挥类专业

导弹指挥：涉及导弹武器的使用、指挥和管理。

防空指挥：包括空中战争、导弹反击战等战斗指挥实践技能。

战略指挥：从宏观角度进行战略规划和决策。

战术指挥：在具体战斗中制定和执行战术计划。

情报指挥：负责情报收集、分析和利用。

通信指挥：指挥和管理通信系统。

雷达指挥：指挥和管理雷达系统。

航空机务技术与指挥专业

直升机航空工程：学习直升机的使用、维护和管理。

无人机作战运用与技术管理：涉及无人机的作战应用和技术管理。

航空仪表：学习航空仪表的使用和维护。

电气与控制系统：学习航空器的电气和控制系统的使用和维护。

飞行与指挥专业

空气动力学、飞机飞行力学、空中领航、飞机结构与系统、航空动力装置、初级飞行训练、中级飞行训练等。

飞行领航学、飞行气象学、飞行原理、飞机基础知识、飞行员陆空通话、仪表飞行与航图、飞行性能计划与载重平衡、多发仪表等级飞行训练等。

其他相关专业

侦察情报（情报分析整编）：培养从事空军侦察情报部队侦察图像处理、侦察图像判读、情报分析整编等岗位专业的初级军官。

目标工程（目标保障）：培养从事目标保障专业工作的初级军官。

载运工具运用工程：主要课程可能包括飞行器设计、飞行力学、航空电子设备等。

控制科学与工程：主要课程可能包括控制系统理论、现代控制理论、系统仿真等。

管理科学与工程：主要课程可能包括管理学原理、运筹学、系统工程等。

这些专业旨在培养具备高强度训练和学习能力、领导才能和团队协作能力的空军军官和航空兵，以满足国防建设的需求。飞行指挥专业的学生如果成为飞行员，将有较高的收入和社会地位，30岁左右收入基本稳定在30万元左右，具体数额取决于驻地和机型。如果未能成为飞行员，学生也可以从事地面工作，如航空管制等，就业是有保障的。