2016年中国马克思主义理论专业排名中，前三名的高校是：

1. 清华大学

2. 中国人民大学

3. 武汉大学

排名中还包括了其他一些著名高校，如东北师范大学、北京大学、复旦大学、吉林大学、中山大学等。

建议：

中国人民大学和 清华大学在马克思主义哲学专业排名中一直表现优异，是考研的热门选择。

北京大学的哲学系历史悠久，被誉为“中国哲学家的摇篮”，其马克思主义哲学专业在国内处于领先地位。

复旦大学哲学系是新中国成立后最早成立的哲学系之一，在软科排名中常年位居前列，多次获得全国第一的佳绩。

这些排名基于综合指数和不同的评价标准，建议在选择学校时，还需考虑学校的教学质量、师资力量、研究设施等多方面因素。