根据最新的可靠信息，莆田学院排名最好的专业如下：

数学与应用数学：

该专业被教育部评为国家一流本科专业，是莆田学院最强的优势专业，也是最好就业的专业。

电气工程及其自动化：

该专业在多个排名中均表现优异，被认为是莆田学院的王牌专业之一。

软件工程：

在多个排名中，软件工程均位列前三，是莆田学院的强势专业。

工程管理：

该专业在教育部双万计划中被评为国家一流本科专业，属于莆田学院的优势专业。

临床医学：

该专业在多个排名中均表现优异，属于莆田学院的优势专业。

此外，莆田学院还有多个省级和国家级一流本科专业，例如：

测控技术与仪器：被评为A++，是莆田学院的一个优势专业。

机械设计制造及其自动化：被评为A，也是莆田学院的一个优势专业。

护理学：被评为省级一流本科专业。

土木工程：根据学长学姐推荐，土木工程是莆田学院的优势专业之一。

环境工程：根据学长学姐推荐，环境工程是莆田学院的优势专业之一。

生物技术：根据学长学姐推荐，生物技术是莆田学院的优势专业之一。

计算机科学与技术：根据学长学姐推荐，计算机科学与技术是莆田学院的优势专业之一。

这些专业在教学质量、就业率等方面都有较好的表现，是莆田学院的王牌热门专业。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，选择这些优势专业。