吉林工业职业技术学院的王牌专业排名如下：

应用化工技术

工业分析与检验

生产过程自动化技术（化工方向）

消防工程技术

机械制造与自动化

这些专业被认定为国家示范高职院校重点建设专业，并且在《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018年）》中被认定为骨干专业。