中国历史上著名的书院及其与大学的关系如下：

岳麓书院：

位于湖南大学校园内，是中国历史上著名的四大书院之一，也是湖南大学的起源之一。

白鹿洞书院：

位于江西省九江市庐山市，是中国四大书院之一，历史上曾是高等学府，对当地的文化教育产生了深远影响。

应天书院：

位于河南省商丘市，是中国古代唯一的国子监书院，也是北宋最高学府，对河南及商丘地区的教育产生了重要影响。

嵩阳书院：

位于河南省登封市，是宋代程朱理学的发源地之一，对当地的文化教育产生了重要影响。

这些书院在中国教育史上具有重要地位，不仅在古代培养了大批人才，而且在现代教育和文化传承中仍然发挥着重要作用。