喀什大学在研究生招生方面提供多个专业，部分专业排名如下：

计算机科学与技术

电子信息工程

机械工程

电气工程

材料科学与工程

化学工程与工艺

农业资源利用

生物化学与分子生物学

生物技术

生态学

此外，根据校友会2023中国大学一流学科排名，喀什大学的某些学科表现突出：

中国语言文学获得2023中国四星级学科（4），属于中国高水平学科行列。

在2024年中国大学专业分档排名中，喀什大学有多个专业被评为A或A+级别：

A+级别专业：

生物科学（第1名， A++）、艺术设计学（第1名， A++）、物理学（第1名， A++）、思想政治教育（第1名， A++）、中国少数民族语言文学（第1名， A++）

A级专业：旅游管理（第4名， A）、计算机科学与技术（第35名， A）、土木工程（第48名， A）。

综合来看，喀什大学在生物科学、艺术设计学、物理学、思想政治教育和中国少数民族语言文学等专业上具有很高的竞争力和学术水平。