重庆交通大学的王牌专业排名如下：

土木工程

港口航道与海岸工程

水利水电工程

工程管理

工程造价

交通运输工程

电气工程及其自动化

计算机科学与技术

船舶与海洋工程

交通工程

此外，根据不同的排名和评价，重庆交通大学的热门专业还包括物流管理、建筑学、给水排水工程、机械设计制造及其自动化等。

建议考生在报考重庆交通大学时，优先选择这些王牌专业，因为它们在各自的领域内有着较高的声誉和影响力，并且根据学科评估结果，这些专业在第四轮学科评估中位列B级，是该校的强项专业。