以下是日本硕士地理专业排名较高的大学：

东京大学：

作为日本顶尖的研究型大学，东京大学在全球享有极高的声誉，地理专业也是其优势学科之一。

京都大学：

京都大学是世界顶级研究型大学之一，被称作“科学家的摇篮”，在地理专业方面也有很高的声望。

东京工业大学：

东京工业大学在地理专业方面排名靠前，是国立重点大学之一。

早稻田大学：

早稻田大学是日本超级国际大学中的杰出大学之一，其地理专业影响力广泛。

庆应义塾大学：

庆应义塾大学是日本著名私立大学，与早稻田大学并称“日本私学双雄”，其地理专业在商界和学术界都有较高地位。

九州大学：

九州大学是一所研究型国家综合性大学，是日本教育、文化、科学部指定的“超级国际大学计划”的杰出大学之一，地理专业在日本及世界都有重要学术地位。

信州大学：

信州大学在地理专业方面的排名也较为靠前，位于第四位。

静冈大学、 山形大学、 鹿儿岛大学、 茨城大学和 新泻大学等也是地理专业方面表现不错的中等层次大学。

这些大学在地理专业方面都有较高的学术地位和广泛的影响力，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的大学进行申请。