以下是日本最好的药学大学排名：

东京大学- 药学专业细分为有机药科学、物理药科学、生物药科学、创药学、医疗药学和社会药学领域，整体排名日本国内第1，全球排名第26位。

京都大学- 药学研究科包含药科学、药学、创发医药科学等专攻，整体排名日本国内第2，全球排名第51-100位。

大阪大学- 药学研究科提供药学专业，整体排名日本国内第3，全球排名第51-100位。

九州大学- 药学研究科提供临床药和创药科学等专业，整体排名日本国内前列。

东北大学- 药学研究科提供药学专业，整体排名日本国内前列。

千叶大学- 药学专业排名靠前。

冈山大学- 药学专业排名靠前。

广岛大学- 药学研究科提供药学专业，整体排名日本国内前列。

金泽大学- 医药保健研究科提供药学和创药科学等专业，整体排名日本国内前列。

长崎大学- 药学专业排名靠前。

这些大学在药学领域都有很高的声誉和实力，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的大学进行申请。