专科运动治疗专业的课程设置通常包括以下几个方面：

基础医学课程

人体解剖学

运动解剖学

人体生理学

运动生理学

生物化学

运动生物力学

康复心理学

医学统计学

组织学

药理学

病理学

免疫学

外科学

内科学

专业课程

中国传统康复治疗学

运动疗法原理与技术

运动损伤学

运动医务监督

临床运动疗法学

理疗学

其他相关课程

运动康复学

运动康复生物力学

运动医学

康复评定学

运动训练学

神经康复学

肌肉骨骼康复学

运动处方

专科运动治疗专业的学生毕业后，主要在运动训练基地、医药卫生系统、社区康复治疗师等领域工作，具备运动康复诊疗和运动防护技能，并能运用运动康复技术独立完成功能评定和康复治疗。