福建生物工程职业技术学院有马克思主义学院、中药系、药学系、健康食品系、康复保健系、健康管理系等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

院系设置

马克思主义学院

中药系

药学系

健康食品系

康复保健系

健康管理系

公共基础部

福建生物工程职业技术学院简介

福建生物工程职业技术学院（Fujian Vocational College of Bio-engineering）是一所隶属福建省教育厅，以培养生物医药、健康食品、康复养护、医学技术、健康管理高级技术技能人才为主的公办全日制高等职业院校。

学校前身是创办于1980年5月的福建医药学校；

2005年5月组建为福建生物工程职业技术学院。学校是中国医药教育协会中医药技术传承专业委员会主任委员单位、全国食药行指委技能竞赛工作委员会主任委员单位，是全国首批“现代学徒制”试点学校、“1+X”老年照护职业技能等级证书试点学校，是“金陵康复医学教育联盟”成员，是全国中医药保健服务国家标准研发及专业人才培训基地。